全流程剧情简要介绍
一、开头剧情，两个现实世界即将相撞，梅比乌斯使现实世界时间停留在了那一瞬间，所有人处于静止状态，但现实世界的N(这个应该是N，不是我们所操控的诺亚)没有静止，这极有可能与他神秘的身份有关，极有可能是梅莉亚选择他的原因。
二、始源，梅莉亚和尼娅创造了始源，始源中记载了现实世界的所有信息，在两个现实世界相撞之后始源可以利用存储的信息重新构建世界。在始源的地图中可以发现大量的水晶块，应该就是储存现实世界信息的。
三、梅比乌斯，梅比乌斯是由处于末日浩劫的人类对于不确定的未来的担忧与恐惧形成的，实际上算是始源这个这个大型计算机中的一个病毒程序，这个病毒程序控制了这个计算机，他们的存在也需要不断地吸收人类的负面情绪来维持，所以制定了三代这个虚拟世界的战争规则。
四、三代的世界，三代的世界并不是一个真实存在的世界，而是由始源进行大量模拟演算之后创建的一个一二代现实世界相撞之后产生的新世界。地图上随处可见的黑雾与消灭现象应该是现实世界影响到了始源这个大型计算机，使得虚拟世界出现了一些不稳定，偶尔会有程序崩溃，也即是消灭现象。这是始源之外的力量，所以不受梅比乌斯控制，而且会影响梅比乌斯。
五、三代的人们，三代的人都是利用始源所储存的现实世界真实存在的人的信息所生成的虚拟人类，他们和真正的人类其实并没有什么差别，一样是可以繁衍产生后代的，所以才有了都市里的人们的存在。都市里的人们瞒过了梅比乌斯，所以摆脱了梅比乌斯的控制，有着比诺亚他们更为长久的生命。都市里的人都存在威胁到了梅比乌斯存在的基础，因为他们不会像诺亚他们那样产生大量梅比乌斯保持存在所必需的负面情绪。
六、克劳乌斯，三代里虽然并没有直接提到克劳乌斯，但始源还是有他的影子的，一二代世界的技术其实不足以制造出始源这种高科技产物，所以极有可能是利用了克劳乌斯的技术，而克劳乌斯的技术在二代的光焰手里。尼娅在介绍始源的时候也说到了她和梅莉亚靠光进行交流，这极有可能是一个双关。其次，将大量信息存储在水晶里应该用的就是二代的异刃核心水晶技术。
七、弥央，剧情里有多处暗示弥央与尼娅有着很紧密的关系，结尾的照片也明示了尼娅有一个孩子，综合上面的剧情推理，可以做出一个比较合理的推断，M是由储存在始源里的尼娅的孩子的信息所生成的一个虚拟人类，而弥央是由M的后悔与希望产生的虚拟人类。
八、诺亚，和弥央一样，他是由N的后悔与希望所产生的虚拟人类。
九、结局，梅比乌斯被消灭，时间重新流转，两个现实世界碰撞后湮灭。都市的人们是初代衔尾蛇繁衍生息所产生的后代，他们的信息并没有保存在始源之中，所以消灭了梅比乌斯，他们也就不存在了。诺亚在结局说“有人想前进，有人想停留，我们真的有选择的权利吗”，冈度回答道“别提我们操心啦，要是能在你们创造的未来中诞生，那还有什么可挑剔的”，这句对话说的大概就是这件事吧。也许始源记录了他们的信息，这谁又说得准呢
十、新世界，始源发挥作用，利用储存的信息创建了一个碰撞后的新世界，虚拟世界中的一切都消失了，诺亚、弥央、兰兹、优妮、泰恩、圣奈、都市……时间从碰撞湮灭前重新开始，新世界的N或者说是诺亚在与游戏开头相同的场景上奔跑时听到了送行者的笛声，或许是在暗示新世界的诺亚保留了虚拟世界的记忆，正如尼娅在结局时所说的那句话“即使现在暂时分别，我们总有一天一定会携手迈向远方”。
尼娅在介绍始源的时候说“始源系统可以让湮灭的世界得以重生”，可知始源的作用并不是在两个世界融合的时候阻止湮灭，而是在融合湮灭之后利用自身所储存的大量信息重新构建世界，所以原先的现实世界确实是湮灭了，结尾出现的是始源构建的新世界。编辑一下，结尾出现的是利用始源自身所储存的信息加上生命湮灭之后的现实世界，重新恢复了原来的现实世界，这个世界不是三代那样只能在始源内部存在的虚拟世界。
网友评论